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9. Riemser Diagnostiktage

Satelliten-Workshop "Sequenzieren der 3. Generation - Schnelle vor Ort-Sequenzierung mit Nanoporen (Oxford Nanopore MinION)"

am Vortag der 9. Riemser Diagnostiktage

Konzept

Der Workshop soll theoretisch und praktisch in das Sequenzieren der 3. Generation mit Nanoporen (Oxford Nanopore MinION) einführen. Mit Hilfe von Vorträgen werden die Technik, Laborverfahren und die Datenauswertung vorgestellt. Im FLI Schulungslabor werden dann an Hand von drei aktuellen Beispielen die Methoden direkt angewendet und eine Nanoporen Sequenzierung live durchgeführt.

Vorläufiges Programm

11:00 Uhr Begrüßung, Prof Dr. Martin Beer, Friedrich-Loeffler-Institut
Formales - Ablauf - Belehrung,  Dr. Kerstin Wernike, Friedrich-Loeffler-Institut
Inhalte: Vorstellung des Programms, Sicherheitshinweise, Belehrungen, Quarantänezeiten

11:30 Uhr Vortrag: „Nanoporen Sequenzierung“, Dr. Anne Pohlmann, Friedrich-Loeffler-Institut
Inhalte: Unterschiede Sequenzierungen der 1., 2. und 3. Generation, Generelle Technik, Geräte und Anbieter, Skalierbarkeit, Verfahren, Entwicklungen, Probleme

12:00 Uhr Vortrag: „Sequenzierstrategien für drei aktuelle Beispiele“, Dr. Kerstin Wernike, Friedrich-Loeffler-Institut
Inhalte: Probenmatrices, Extraktions- und Amplifikationsstrategien, BVDV Vollgenom aus Ohrstanzen, AIV Vollgenom aus Tupfer, ASPV Vollgenom aus Zellkulturüberstand, Ansprüche an die DNA/RNA Menge und Qualität

12:30 Uhr Laborphase: Handling und Vorbereitung der Geräte 

13:00 Uhr Vortrag: „Libraryherstellung“, Jacqueline King, Friedrich-Loeffler-Institut
Inhalte: Verfahren zur Libraryherstellung, Adapter-End-Ligation, Transposase-basierte Verfahren, RNA-Sequenzierung

13:30 Uhr Laborphase: Libraryherstellung und Start der Sequenzierung

14:30 Uhr Vortrag: „Datenauswertung“, Dr. Anne Pohlmann, Friedrich-Loeffler-Institut
Inhalte: Formate, Qualitätskriterien, Basecalling, Multiplexing, Trimming, Datenauswertung, Probleme und Lösungen

15:00 Uhr Ende und Übergang zum RDT Get-together. Sequenzierung läuft und das Ergebnis wird während der Diagnostiktage vorgestellt.